BioGraphicsでGC含量をプロットする方法
表題にあることをやってみたくなったので、試してみました。なお、手元にあるBioPerlのバージョンは1.2.3。古いのやとちゃんと動かへんかも。当然のことながらGDもいります。
で、どうやったかと言うと、
perldoc Bio::Graphics::Panel
ってやって出て来るサンプルコードをcut&pasteした後に、以下のような記述を、#general caseって書いてる行の上あたりにいれるとOK。
my $gcfeature = Bio::SeqFeature::Generic->new( -start => 1, -end => $seq->length ); $gcfeature->attach_seq( $seq ); $panel->add_track( $gcfeature, -glyph => 'dna', -fgcolor => 'black', -height => 40, -bgcolor => 'red', -connector => 1, -do_gc => 'true', -gc_bins => 1000, -axis_color => 'blue', -strand => 'forward', );
補足:-heightの値を変えると図中に%gcって文字列が出てきたり消えたりします。