なんてのがあったんや。生まれも育ちもその宇治の隣やけどそんなん全然知らんかった…

最近EMBOSSってゆうソフトウェアパッケージをよく使ってます。EMBOSSって名前は"The European Molecular Biology Open Software Suite"の頭文字からきてるそうです。配列処理や比較、それらの結果の表示等、バイオインフォマティクスに欠かせない操作がそれ…

素晴らしい！！！ 末続選手が200Mで3位入賞！

昨日のデータを使ってやるとかなり時間がかかりそうな気配なんで、違うデータをダウンロード。しかる後、スクリプトに流す。週明けまでに材料の準備は出来そう。来週になったら一回目の調理開始(予定)。 そういえば最近はbio-mirrorの日本支部からデータを落…

必要となる(であろう)データのダウンロード。その後、必要な情報を抜き出すためにお手製のスクリプトにデータを流す。 以上。

早めに仕事を切り上げて新橋まで行って来ました。昨日、院時代の友人から今日明日と東京に来るとの連絡をもらい飲みに行くことに。一緒のラボにいたんは2年だけだったんですが、卒業してからもちょくちょく連絡をとってて、新潟まで遊びに行ったりもしました…

マイクロアレイ研究に多大なる影響を与えた(与えてきた)13本の論文。いずれもどこかで見たことあるものばかりではないかと。 The Microarray Family Tree - A historiograph of 13 influential papers. The Scientist 17(16):29.

の夜中、アンテナを作成。実はここに登録したときからずーっと「アンテナって何なんやろう？」って思ってたんですが、作ってみてやっと分かった。結構便利ですな。

ってRDBMSがあるそうですね。今までは、日本語ドキュメントが豊富でトリガー機能がついているって理由でPostgreSQLを使ってたんですが、こっちもなかなかよさげ。売りは、お手軽に動かせるってのと速いってところみたい。よく使われる操作では、PostgreSQLや…

夏本番！って感じですな。昨日も今日も暑い！

BMI値が高いと癌になりやすい、らしい。 入手先 情報元1 情報元2 気をつけねば。

の新しいバージョンが出た模様。GOA-SPTR(11th Release)とGOA-Human(13th Release)。それぞれ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/SPTR/ (GOA-SPTR) ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/HUMAN/ (GOA-Human) からダウンロード可。 前のリリース…

週末、無事動かすことが出来たプログラムを更に改良。これでやりたいことが出来るように。あとはcronを仕掛ければOK。しかるべき時期が来たらこのプログラムが活躍する(はず)。 変更点は、esearchメソッドの戻り値がPMIDのリストだったのを、PMIDをリストとe…

"ごじつだん"で変換したら"御実弾"って出て来ました、素晴らしい！ 見に行こうとしたモノですが、前の週の週末3日間と比べて4割増しだったそうで。そら混んでるわけやわ！あまりにも大入なんで来年まで上映するかもって話だそうです。もうちょっと後で行こう…

映画でも見に行こうと、片道20分程かけて自転車で川崎駅の近くにある映画館まで行って来ました。雨降り模様&お盆の最後だったんで、日曜日とはいえそんなに混んでへんやろう、と思って。 が、しかしどうやら読みは甘かったようです。チケット売場には人の列…

昨日無事動かすことが出来たBioRubyですが、その時使った(BioRubyに元々ついている)サンプルプログラムではキーワード検索してダウンロードした結果をBibTexフォーマットに変換する、というものでした。私がほしいのは、ヒットしたエントリーのMEDLARSフォー…

帰ってから自宅のWindowsXPで試したところ、cygwin+ruby+bioruby上でも無事動きました。これで今週末は色々遊べそう。

今晩もまた潜り。Normalの最後まで到達。2になってからはまだ一回もクリアしてへんかったからちょっと嬉しい。これで次からはNightmareに行けるようになった。さすがに最後は強かったけど、3人でやると一人潜りの時に比べて大分楽みたい。さて、最後まで到達…

特定のキーワードとオプションのセットで、PubMedを定期的にチェック＆ダウンロードするプログラムを作ろうとしてたんです(例えば、週末に「今週PubMedに登録された論文のうち○○という単語を持つもの」ってな感じで)。最初はBioPerlでやろうと思ったんですが…

こんな所にあったとは… perldoc perldsc これでラクダ本開く回数が減るかも。perlref, perllol も使えそう。

暑なったり涼しなったり、どないなってるんでしょうな、今年の夏は。

よーく比べてみると色々分かるらしい Tomas JW, et al. Comparative analyses of multi-species sequences from targeted genomic regions. Nature 424:788-793. ええ仕事はええ建物から生まれる? Bonetta L. Lab architecture: Do you want to work here? N…

学校にまだwebページが残ってたんできれいに消去。とりあえずトップページだけはこっちに移す。でもこれももしかしたら近いうちにまた別の場所に移すかも。

この時期にあるレースを、今年はリアルタイムで見れんかったんで、総集編みたいなん(8時間が1時間ちょいになってるやつ)でチェック。今年は例年になく色んなドラマ(&トラブル)があったみたいですな。しかし2周目からとは… リアルタイムで見たかったなー。 そ…

夏本番って感じですな。昼間はかなり暑かったなー。

とりあえず作ってみました。意外と簡単にできるもんなんですね。便利な世の中になったもんや。 自宅webサーバを立ち上げようとしてたんですが、外から見えるように設定すんのが、いまいちうまいこといかへんので(多分できるとは思うねんけど…)、こっちに置く…