先日最新版の1.4がリリースされたBioPerlですが、ドキュメント類も最新版対応のものにアップデートされた模様。ここにあります。 で、一部(Feature-Annotation HOWTO)だけチラッと見てみました。 3. Features from GenBankにあるのってアレ交流会で話したと…

の最新版1.4がリリースされたようです。時期的にはちょうどクリスマスプレゼントってことなんかな。トップページにあるのはまだ1.2.3ですが、ここにはもう最新版のファイルがあります。リリースノートはここ。その中からいくつか目にとまったものを。 "Over …

の資料(PDF)アップしました。こちらからどうぞ。

のページが更新されてます。テキスト検索、BLAST検索等できるようです。

Pre-Ensemblにチンパンジーが追加されてます。アクセスはここから。関連記事は、ここやここにあり。

ここでも何回か出てきたUniProtですが、トップページが変わってました。「もうすぐ使えるよ」とだけ書いてあります。ftpサイトの構成も変更されたようで、以前あったUniParcってのは今は無いみたい。

の最新版3.3がリリースされた模様。ダウンロードはここから。変更点は、データベースも7.1にアップデートされた、今までオプションを指定する時に使っていた'+'が'-'になった、等々(リストはここ)。ファイルサイズが倍増しているところをみると、SCOPのSuper…

ってデータベース(?)があるらしい。例えば、このページの右のほうにあるLinksってのをクリックして出てくるポップアップウィンドウからGeneってのを選ぶとこんな感じのものが表示される。Transcripts and productsやGenomic contextの所に表示される図がええ…

tetraさんのページにもありましたが、EMBOSSの最新版2.8.0がリリースされたようです。ChangeLogはここ。結構色々あるようです。

の最新版(GOA-SPTR:13th release, GOA-HUMAN 15th release)がリリースされたようです。 ということで、EBIのftpサイトに行ってみたんですが、何とPDBってディレクトリが極最近(多分数時間前)に出来た模様。さらにMOUSEやRATってなディレクトリも出来てました…

って www.pubmed.gov www.pubmed.org www.pubmed.net www.pubmed.com ってのでもちゃんと本家のページに飛ぶんや。へぇー。まさか.comまでとってるとは。ちなみに.jpは無かったです。

NCBIのftpサイトにあるBLAST用FASTAファイルですが、compression(ファイル名が".Z"で終わってるやつ)による圧縮からgzipによる圧縮(ファイル名が".gz"で終わってるやつ)に変更されるようです。gzipの方が圧縮効率がいいからだそうです。何で".Z"と".gz"の2つ…

さっき気づいたんですがPSB2004の論文リストが出てました。

さっき気づいたんですがEnsemblのトップページを見るとHuman v.17.33.1って書いてます。で、ftpサイトの方を見ると、human-17.34ってディレクトリが出来てます。更に潜っていってみるとdataの下にgolden_pathだけあります。何でやろう? golden_path以下だけ…

というデータベースができたらしい。Human Protein Reference Database、略してHPRDだそうだ。論文はここ。パッと見た感じ、こないだ言ってたUniProtと直接関係がある、ってわけではなさげ。

のaccepted paperのリストが出てました。そういや今年はパシフィコでやるんでしたな。日数も4日に増えてましたな。

ってデータベースがあるらしい。どんなのかというと SOURCE is a unification tool which dynamically collects and compiles data from many scientific databases, and thereby attempts to encapsulate the genetics and molecular biology of genes from…

Linuxのコマンドラインで使える、マイクロアレイデータ等のクラスタリング結果をこんな感じの画像にしてくれるslcviewの新しいやつが出てました。2.0になってました。お手軽に使えるってのと読みやすいソースコードがついているので結構よさ気です。大量に処…

なるソフトがあるそうです。元ネタは Kelly BP et al. Conserved pathways within bacteria and yeast as revealed by global protein network alignment. PNAS 100(20):11394-11399, 2003. うーん、いろんなBLASTがあるんですなー。ExpressionBLASTみたいな…

EMBOSSのGUIであるJembossに関する論文がBioinformaticsに出てました。 Carver T, Bleasby A. The design of Jemboss: a graphical user interface to EMBOSS. Bioinformatics 19(14):1837-1843.

表題にあることをやってみたくなったので、試してみました。なお、手元にあるBioPerlのバージョンは1.2.3。古いのやとちゃんと動かへんかも。当然のことながらGDもいります。 で、どうやったかと言うと、 perldoc Bio::Graphics::Panel ってやって出て来るサ…

ちょっと前に話題になってたUniProtですが、webサイトが出来てました。まだweb越しにデータを見れるようにはなってへんみたいなんですが、ftpサイトの方にはデータが入ってました。中身を見てへんので詳細は分かりませんが、データはXML形式で配られるようで…

最近業界で話題騒然(?)のEMBOSSをwebから使えるようにしてくれるという素敵なソフトを職場のマシンにいれてみる。そうゆうのがあるってのを前にどっかで見ていずれ試そうと思っててんけど、ちょうど時間が取れたんで。で、インストールは無事終ったっぽい。…

の最新版 1.2.3 がリリースされたようです。変更点に関する情報はここにあります。Bio::SearchIOやBio::DB::GFF、Bio::Graphics(HOWTOがアップデートされたみたい)その他に変更・追加があったようです。

が速くなったそうです。実はごく近場でやってるみたいです。本日からサービス開始なんだそうですが、どこに行けば使えるのかは知りません。

4章のドラフトが出来たのでアップロードする。

のお手伝いをすることに。今週来週と祝日が多いのでそれを利用してやろうかと。使ったことがあるプログラムに関する記述がある&空き具合からここの翻訳をすることに。ドラフトが出来たらプロジェクトのページにアップします(多分今週中)んで、ご覧になられた…

o'reillyからBLASTって本が出たってのはちょっと前に聞いてたんですが、まさかIN A NUTSHELLシリーズにもバイオインフォマティクス関連の本が出てたとは思いもしませんでした。その名もSequence Analysis in a Nutshell。その名の通り配列解析の際に頻繁に利…

最近EMBOSSってゆうソフトウェアパッケージをよく使ってます。EMBOSSって名前は"The European Molecular Biology Open Software Suite"の頭文字からきてるそうです。配列処理や比較、それらの結果の表示等、バイオインフォマティクスに欠かせない操作がそれ…

の新しいバージョンが出た模様。GOA-SPTR(11th Release)とGOA-Human(13th Release)。それぞれ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/SPTR/ (GOA-SPTR) ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/HUMAN/ (GOA-Human) からダウンロード可。 前のリリース…